Calculateur d'efficacité de transformation bactérienne
Rédigé par Thierno Sadou Diallo, formule vérifiée selon notre méthodologie • Mis à jour le 03/09/2026
L'efficacité de transformation s'obtient en estimant le nombre total de colonies (colonies comptées × volume total ÷ volume étalé), puis en divisant ce nombre par la quantité d'ADN transformée en microgrammes. Exemple : 50 colonies comptées sur 100 µL étalés (sur 1000 µL au total) avec 1 ng d'ADN donnent une efficacité de 500 000 CFU/µg.
Explication
L'efficacité de transformation mesure la compétence d'une souche bactérienne à absorber de l'ADN étranger (typiquement un plasmide), exprimée en unités formant colonie par microgramme d'ADN (CFU/µg) — c'est-à-dire le nombre de bactéries transformées qu'on obtiendrait en théorie en utilisant exactement 1 µg d'ADN. En pratique, on étale rarement la totalité de la culture transformée sur une seule boîte : on n'en étale qu'une petite fraction (par exemple 100 µL sur 1 mL de reprise), et on compte les colonies sur cette fraction. Le calcul se fait donc en deux temps : d'abord extrapoler le nombre de colonies compté sur la fraction étalée au volume total (en multipliant par le facteur de dilution volume total ÷ volume étalé), puis diviser ce nombre total estimé par la quantité d'ADN effectivement utilisée dans la transformation. Les valeurs typiques varient selon la méthode de préparation des cellules compétentes : de l'ordre de 10⁵ à 10⁶ CFU/µg pour la méthode chimique classique au chlorure de calcium, 10⁷ à 10⁹ CFU/µg pour des méthodes chimiques optimisées, et 10⁹ à 10¹⁰ CFU/µg pour l'électroporation. Cette mesure sert à comparer la qualité de différents lots de cellules compétentes, ou à vérifier qu'un protocole de transformation fonctionne comme attendu avant de l'utiliser pour un clonage important. Pour la température de fusion des amorces utilisées en amont dans un protocole de clonage par PCR, voir notre calculateur de température de fusion des amorces ; pour le nombre de copies obtenues après amplification, notre calculateur d'amplification PCR.
Exemple : 50 colonies sur 100 µL étalés (1 mL de reprise, 1 ng d'ADN)
Données d'entrée
Colonies comptées : 50. Volume total : 1000 µL. Volume étalé : 100 µL. ADN transformé : 0,001 µg (1 ng).
Calcul
Colonies totales estimées = 50 × (1000 ÷ 100) = 50 × 10 = 500. Efficacité = 500 ÷ 0,001 = 500 000 CFU/µg.
Résultat
L'efficacité de transformation est de 500 000 CFU/µg, un ordre de grandeur cohérent avec la méthode chimique standard au chlorure de calcium.
Questions fréquentes
Pourquoi ne pas simplement diviser les colonies comptées par l'ADN étalé ?
C'est mathématiquement équivalent, à condition d'appliquer le même facteur de dilution à l'ADN plutôt qu'aux colonies : diviser les colonies comptées par la quantité d'ADN réellement étalée (quantité totale × volume étalé ÷ volume total) donne exactement le même résultat que la méthode utilisée ici. Cette calculatrice extrapole les colonies au volume total plutôt que l'inverse, car c'est la convention la plus couramment publiée dans les protocoles de laboratoire.
Quelle efficacité de transformation est considérée comme bonne ?
Cela dépend entièrement de la méthode utilisée pour préparer les cellules compétentes : une efficacité de 10⁵ à 10⁶ CFU/µg est normale pour la méthode chimique classique (chlorure de calcium), tandis que des cellules chimiquement compétentes optimisées atteignent 10⁷ à 10⁹ CFU/µg, et l'électroporation peut dépasser 10⁹ à 10¹⁰ CFU/µg. Comparez toujours votre résultat à la méthode que vous avez effectivement utilisée, pas à un chiffre universel.
Que faire si aucune colonie ne pousse sur la boîte ?
Une absence totale de colonies peut avoir plusieurs causes : cellules compétentes non fonctionnelles ou périmées, ADN de mauvaise qualité ou en quantité insuffisante, erreur dans l'antibiotique de sélection utilisé, ou choc thermique de transformation mal réalisé. Un témoin positif (transformation avec un plasmide de contrôle connu pour fonctionner) permet de vérifier si le problème vient des cellules compétentes elles-mêmes ou du protocole suivi.