Calculateur de température de fusion des amorces (Tm)
Rédigé par Thierno Sadou Diallo, formule vérifiée selon notre méthodologie • Mis à jour le 03/09/2026
La règle de Wallace estime rapidement le Tm d'une amorce courte avec 2°C × (A+T) + 4°C × (G+C). Pour une amorce de 20 bases avec 50 % de GC (10 A/T et 10 G/C), le Tm de Wallace est de 60 °C, contre environ 51,8 °C avec la formule empirique de Bolton-McCarthy, plus adaptée aux amorces de cette longueur.
Explication
La température de fusion (Tm) d'une amorce PCR est la température à laquelle la moitié des molécules d'ADN double brin formées par l'amorce et sa séquence complémentaire sont dénaturées (séparées en simple brin). Connaître le Tm est indispensable pour choisir une température d'hybridation (annealing) adaptée lors d'une PCR : une température d'hybridation trop élevée empêche l'amorce de s'apparier, trop basse favorise des appariements non spécifiques. Deux formules classiques existent, avec des domaines de validité différents. La règle de Wallace (Tm = 2×(A+T) + 4×(G+C)) est la plus simple, mais reste fiable surtout pour des amorces courtes, en dessous d'une vingtaine de bases. Pour des amorces de longueur plus standard (18 à 25 bases, la norme actuelle en PCR), la formule empirique de Bolton-McCarthy (Tm = 64,9 + 41 × (G+C − 16,4) / longueur totale) — celle utilisée par défaut dans le logiciel de référence Primer3 pour les séquences de plus de 13 bases — donne généralement une estimation plus réaliste. Ce calculateur affiche les deux, pour comparaison. Ni l'une ni l'autre ne remplace un logiciel de conception d'amorces à part entière (comme Primer3), qui intègre aussi la concentration en sels et en amorce, mais elles suffisent pour une première estimation rapide. Pour la quantité d'ADN obtenue après amplification, voir notre calculateur d'amplification PCR ; pour la concentration d'un échantillon d'ADN avant PCR, voir notre calculateur de concentration d'acide nucléique.
Exemple : amorce de 20 bases avec 50 % de GC
Données d'entrée
Bases A+T : 10. Bases G+C : 10 (soit 20 bases au total, 50 % de GC).
Calcul
Règle de Wallace : 2 × 10 + 4 × 10 = 20 + 40 = 60 °C. Formule empirique : 64,9 + 41 × (10 − 16,4) ÷ 20 = 64,9 + 41 × (−6,4) ÷ 20 = 64,9 − 13,12 = 51,78 °C.
Résultat
Le Tm estimé est de 60 °C (règle de Wallace) ou 51,78 °C (formule empirique).
Questions fréquentes
Pourquoi les deux formules donnent-elles des résultats différents ?
Parce qu'elles reposent sur des approximations différentes, avec des domaines de validité distincts. La règle de Wallace, très simple, a été conçue pour de courtes sondes ou amorces (moins de 20 bases) ; au-delà, elle a tendance à surestimer le Tm. La formule empirique de Bolton-McCarthy tient compte de la longueur totale de la séquence, ce qui la rend plus fiable pour les amorces de 18 à 25 bases couramment utilisées aujourd'hui.
Quelle température d'hybridation choisir à partir du Tm ?
Une règle pratique courante consiste à fixer la température d'hybridation environ 3 à 5 °C en dessous du Tm calculé (le plus bas des deux Tm si les deux amorces d'une paire ont des valeurs différentes), puis à l'optimiser expérimentalement si nécessaire. Ce calculateur donne une estimation de départ, pas une valeur définitive.
Ces formules tiennent-elles compte de la concentration en sels ?
Non, ces deux formules simplifiées supposent des conditions standards (la formule de Bolton-McCarthy est calibrée pour environ 50 mM de sodium). Pour une estimation qui ajuste précisément le Tm à la concentration réelle en sels et en amorce de votre réaction, un logiciel de conception d'amorces dédié comme Primer3 reste plus précis.